L'agence est animée par un conseil d'administration, le Directoire, composé de 4 responsables de sociétés de Coignières élus en Assemblée Générale et de 4 élus municipaux, sous le contrôle du conseil de surveillance constitué également de 2 responsables de sociétés.
Les recettes de l'Agence sont assurées pour l'essentiel par les cotisations des quelques 120 sociétés coignériennes adhérentes, des recettes directes et une subvention municipale dont le montant est équivalent aux cotisations de l’année perçues par l’agence. Dès lors qu'une action nécessiterait l'appui de la commune, le Directoire constitue une force de proposition à l'intention du conseil municipal qui étudiera alors le projet et pourra l’inscrire dans le budget de la Ville en section d'investissement ou de fonctionnement.
